Surların kapladığı alanın kuzeydoğu köşesinde adeta yay biçiminde bir duvarla şehirden ayrılan iç kale, etrafında bulunan surlarla bir açıdan Dış kale’nin minyatürü gibidir. Yapım tarihi olarak kaynaklarda yer alan bilgiler, genelde İç Kale’nin Hurriler Dönemi’nde yapıldığına dair ortak bir karar mevcuttur.  Hurilere dayandırılan İç Kale’nin etrafı Bizans Döneminde 349 yılında dış surlarla çevrilmiştir. Artukluları yönetimindeyken önemli değişikliklere uğramış olan kentin yönetim merkezi İç Kale 16. Yüzyılda Osmanlı yönetimine girmesiyle son halini almıştır. İç Kale’nin Saray, Oğrun, Küpeli, Fetih adlı toplam dört kapısı vardır. Fetih ve Oğrun kapıları dışa; saray ve küpeli kapıları ise kente açılmaktadır. Toplamda 16 burçtan oluşan İç Kale’nin burçlarından her biri değişik işlevlerle donatılmıştır. Silah mühimmat deposu, tahıl ve yiyecek deposu, hapishane, askeri araç gereç deposu gibi işlevlerde kullanılan burçlar Artuklu ve Osmanlı döneminde iç kale surları birçok onarım görmüştür.  2014-2017 yılları arasında Kültür ve Turizm Bakanlığı ve Diyarbakır İl Valiliği ile beraber yürüttüğümüz İç Kale Restorasyonu projesiyle İç Kalede bulunan yapılar özgün hali korunarak restore edilmiştir.

Diyarbakır Müze Kompleksi (İçkale Yapıları) içinde yer alan eski cezaevi binasının yeniden düzenlenmesi sonucunda oluşturulan depo mekânları ve iklimlendirme sistemleri ile kültürel mirasın gelecek nesillere sağlıklı bir şekilde aktarılabilmesi için uygun ortamlar oluşturulmuştur. Depolara kurulan katlı raf sistemleri ve çekmeceli dolaplar ile arkeolojik ve etnografik eserlerin ısı, nem ve deprem gibi zararlı olabilecek dış etkilerden uzak olarak depolanması sağlanmıştır.